Appartementhotels in Funchal combineren de vrijheid van een eigen keuken met hotelgemak als dagelijkse schoonmaak en een receptie. Deze accommodaties liggen voornamelijk in de wijk Lido en São Martinho, dicht bij het wandelpad langs de oceaan en restaurants. Reken op een budget van €70 tot €150 per nacht, afhankelijk van het seizoen. Alle aparthotels hebben een kitchenette, balkon en vaak een zwembad of spa.
Topbeoordeeld zijn Villa Quinta Torrinha Rooms (9,9) met een tuin, fitness en hot tub, en Vila Marta (9,6) met privéterras en uitzicht over bananenplantages. Het Suite Hotel Eden Mar - Portobay (8,8) biedt een lagunezwembad, tennisbaan en vier restaurants. Duas Torres (8,5) heeft een vrijvormzwembad met uitzicht op de Atlantische Oceaan. Boek vroeg voor de beste tarieven, vooral in het hoogseizoen.