Aparthotels in Lissabon combineren de ruimte van een eigen appartement met hotelgemak. Ze zijn ideaal voor reizigers die zelf willen koken, meer privacy wensen of langer verblijven. De meeste liggen in centrale wijken als Chiado, Baixa en Bairro Alto, dicht bij metrohaltes en bezienswaardigheden. Budgetten lopen uiteen van middenklasse tot luxe, met prijzen vanaf circa €100 per nacht. Gemeenschappelijke faciliteiten zijn vaak een kitchenette, rooftopzwembad, terras en soms een spa of kinderclub.
Tot de hoogst gewaardeerde opties behoren The Lumiares Hotel & Spa (93/100) in Bairro Alto met panoramisch uitzicht over de Taag en een volledig uitgeruste kitchenette. Martinhal Lisbon Chiado (91/100) biedt een gratis kinderclub en ruime appartementen in het hart van Chiado. Legendary Lisboa Suites (86/100) heeft een buitenzwembad en ligt op loopafstand van Praça Marquês de Pombal. Voor een rustig verblijf met fitness en overdekt zwembad is Upon Lisbon Prime Residences (89/100) een uitstekende keuze. VIP Executive Eden Aparthotel (81/100) biedt een dakterras en een centraal adres in Baixa, direct naast de luchthavenbus.