Beppu staat bekend om zijn vele natuurlijke warmwaterbronnen, en een verblijf in een van de spa-hotels biedt directe toegang tot deze traditionele onsen-ervaring. Hotels zoals Suginoi Hotel en Amane Resort Gahama combineren moderne faciliteiten met authentieke badhuizen, vaak met zowel binnen- als buitenbaden. Afhankelijk van je budget kun je kiezen voor een uitgebreid resort met meerdere zwembaden en restaurants, of een intiemer ryokan met een rustige tuin en zeezicht. De meeste hotels liggen op loopafstand van het station of bieden een gratis shuttle, waardoor je gemakkelijk de beroemde bezienswaardigheden zoals Beppu Park en Beppu Tower kunt verkennen.
Voor een onvergetelijk verblijf kun je terecht in wijken als Kannawa of het centrum nabij het station, waar zowel grote resorts als kleinschalige ryokan's te vinden zijn. Suginoi Hotel (score 8,9) beschikt over twee zwembaden, meerdere restaurants en een bowlingbaan, ideaal voor gezinnen. Amane Resort Gahama (score 9,2) biedt een rustiger, luxueuze sfeer met een hot spring bath, zonneterras en gratis privéparkeergelegenheid. Boek vroeg voor de beste tarieven, vooral in het weekend, en overweeg een kamertype met ontbijt voor een complete onsen-ervaring.