Harlingen biedt reizigers met een klein budget een verrassend breed scala aan betaalbare overnachtingsplekken. Voor een nacht in een eenvoudige maar comfortabele hotelkamer betaal je doorgaans tussen de €60 en €100. De beste opties vind je in de historische binnenstad, vlak bij de havens en het station. Bed and Breakfast Oosterpark is een uitstekende keuze voor wie van rust houdt: het biedt gratis parkeren, airconditioning en eigen entree. Harbour Hub Hotel ligt direct aan de Noorderhaven, heeft een restaurant met terras en scoort een 8.9. Hotel Almenum is gehuisvest in een verbouwd 17e-eeuws pakhuis en beschikt over ruime appartementen en een romantische binnenplaats. Hotel Zeezicht grenst aan de veerterminal en heeft een eigen terras aan de oude haven met uitzicht op de Waddenzee.
Houd bij het boeken rekening met enkele praktische punten. De meeste budgetvriendelijke hotels in Harlingen bieden gratis wifi en niet-roken kamers, maar parkeren is vaak beperkt en kan extra kosten met zich meebrengen. Sommige, zoals Hotel Centraal en Hotel Heerenlogement, serveren een uitgebreid ontbijt, terwijl B&B De Zeehoeve, vlak achter de Waddenzeedijk, een typisch Fries ontbijt met suikerbrood en verse sappen serveert. Boutique Hotel De Eilanden, op loopafstand van het station en de haven, heeft slechts drie kamers; een lift is aanwezig. Kijk vooraf goed naar de ligging en faciliteiten-sommige hotels hebben geen eigen parkeerplaats of zijn alleen via trappen bereikbaar.