Bilbao biedt een ruime keuze aan boetiekhotels, variërend van minimalistisch design tot avant-gardistische architectuur. Deze hotels liggen vaak in de centrale wijken, zoals het gebied rond het Guggenheim Museum of de oude stad (Casco Viejo). De prijzen voor een overnachting beginnen rond de €100, afhankelijk van het seizoen en de voorzieningen. Veel boetiekhotels beschikken over een fitnessruimte, gratis wifi en een restaurant met Baskische gerechten. Een aantal biedt ook een spa, een zwembad of een dakterras met uitzicht over de stad.
Enkele hoog gewaardeerde opties zijn Hotel Miro, met een score van 91, dat tegenover het Guggenheim Museum ligt en beschikt over een 24-uurs honesty bar en Molton Brown toiletartikelen. The Artist Grand Hotel of Art, eveneens met een score van 93, biedt een wellnesscentrum met sauna en Turks bad, en een dakterras met panoramisch uitzicht. Voor een verblijf in de oude stad is Petit Palace Arana Bilbao een goede keuze, met een hydromassagedouche en fietsverhuur. Deze hotels zijn geschikt voor zowel stellen als zakenreizigers, en bieden een persoonlijke service en een unieke sfeer.